Mười năm sau kể từ khi tranh giành cỗ máy ban phát điều ước “Chén Thánh” , cuộc chiến lại tái diễn ở thành phố Fuyuki. Người tham gia ở trận chiến trước, con nuôi của Kiritsugu Emiya, Shiro Emiya, kế thừa ý chí của ông, quyết tâm chiến đấu. Cùng với Saber được triệu hồi, cậu thành lập một liên minh với pháp sư Rin Tohsaka và đối mặt với “Cuộc chiến Chén Thánh”. Tuy nhiên, trận chiến đã có những bất hoà lớn và bị bóp méo bởi tổ chức hoạt động ngầm.